程序性细胞死亡过程中，细胞呈现下列特征：细胞核DNA断裂成一定长度的片段，染色质固缩，液泡形成，最后形成一个个由膜包被的凋亡小体。动物和植物程序性细胞死亡后的产物去向不同，动物细胞的都是被其他细胞吞噬利用，而植物细胞的则用于本身细胞的次生壁构建。

上述变化是由一个基因群编制的程序控制的、严格有序的复杂分子过程。此过程受细胞内外多种信号系统的诱导和细胞内多种基因的级联反应的调控。研究表明，植物细胞的程序性细胞死亡是由核基因和线粒体基因共同编制的。